Ngày 9 tháng 7 năm 1996, theo Quyết định số 2819/GD-ĐT của Bộ trưởng Bộ Giáo dục và Đào tạo, trên cơ sở hợp nhất 3 trường đại học đào tạo lĩnh vực Kinh tế lúc bấy giờ (Trường Đại học Kinh tế Thành phố Hồ Chí Minh (cũ), Đại học Tài chính Kế toán Thành phố Hồ Chí Minh và Khoa Kinh tế thuộc trường Đại học Tổng hợp Thành phố Hồ Chí Minh), Trường Đại học Kinh tế trực thuộc Đại học Quốc gia TP.HCM được thành lập. Năm 2001, theo Quyết định số 15/2001/QĐ-TTg của Thủ tướng Chính phủ Phan Văn Khải về việc tổ chức lại 2 hệ thống Đại học Quốc gia ở Hà Nội và TP.HCM, một số trường Đại học thành viên trực thuộc Đại học Quốc gia TP.HCM trước đây được tách ra hoạt động độc lập và chỉ trực Bộ Giáo dục và Đào tạo.

Ngày 10 tháng 10 năm 2000, Thủ tướng Chính phủ ban hành Quyết định 118/2000/QĐ-TTg, chính thức tách Trường Đại học Kinh tế ra khỏi hệ thống các trường thành viên của Đại học Quốc gia TP.HCM và thành lập Trường Đại học Kinh tế TP.HCM trực thuộc Bộ Giáo dục và Đào tạo. Đến ngày 6 tháng 11 năm 2000, Giám đốc ĐHQG TPHCM cũng ban hành Quyết định số 441/QĐ-ĐHQG-TCCB về việc thành lập Khoa Kinh tế trực thuộc ĐHQG TPHCM nhằm kế thừa và tiếp tục thực hiện các nhiệm vụ nghiên cứu, đào tạo lĩnh vực Kinh tế của Trường Đại học Kinh tế - ĐHQG TPHCM (cũ). Khoa Kinh tế chính thức tuyển sinh khóa đào tạo đầu tiên vào năm 2001 (K01) với 3 ngành/chuyên ngành bậc Đại học bao gồm Kinh tế học, Kinh tế & Quản lý công, Kinh tế đối ngoại.

Ngày 24 tháng 3 năm 2010, theo Quyết định số 377/QĐ-TTg của Thủ tướng Chính phủ, Trường Đại học Kinh tế - Luật được thành lập trên cơ sở Khoa Kinh tế trực thuộc ĐHQG TPHCM, đồng thời mở rộng lĩnh vực hoạt động, nghiên cứu và đào tạo từ Kinh tế thành Kinh tế, Luật và Kinh doanh quản lý[5]. Việc thành lập Trường Đại học Kinh tế - Luật có ý nghĩa quan trọng trong việc thực hiện mục tiêu xây dựng và phát triển ĐHQG TPHCM thành trung tâm đào tạo đại học, sau đại học và nghiên cứu khoa học công nghệ đa ngành, đa lĩnh vực chất lượng cao, đạt trình độ tiên tiến, làm nòng cốt trong hệ thống giáo dục đại học, đáp ứng nhu cầu phát triển kinh tế - xã hội của đất nước và hội nhập quốc tế.

Trong giai đoạn đầu xây dựng và phát triển, Trường Đại học Kinh tế - Luật chỉ có 12 Cán bộ - Viên chức và chưa có cơ sở vật chất, cơ sở giảng dạy ổn định. Trong giai đoạn này, trường thường tổ chức giảng dạy và nghiên cứu tại tòa nhà điều hành của Đại học Quốc gia Thành phố Hồ Chí Minh tại phường Linh Trung, Quận Thủ Đức (Nay là TP. Thủ Đức thuộc TP.HCM). Trường cũng có thời gian thuê văn phòng hoạt động và giảng dạy tại Trường Đại học Khoa học Tự nhiên, Đại học Quốc gia Thành phố Hồ Chí Minh.

Tháng 7 năm 2010, theo Quyết định của Hiệu trưởng Trường Đại học Kinh tế - Luật, lần lượt 7 Khoa đào tạo được thành lập trên cơ sở các Bộ môn sẵn có, cụ thể như sau:

• Khoa Kinh tế được nâng cấp từ nền tảng của Khoa Kinh tế ĐHQG và Bộ môn Kinh tế học (thành lập năm 2000)
• Khoa Kinh tế đối ngoại được nâng cấp từ Bộ môn Kinh tế đối ngoại (thành lập năm 2001)
• Khoa Tài chính - Ngân hàng được nâng cấp từ Bộ môn Tài chính - Ngân hàng (thành lập năm 2002)
• Khoa Kế toán - Kiểm toán được nâng cấp từ Bộ môn Kế toán - Kiểm toán (thành lập năm 2002)
• Khoa Hệ thống thông tin được nâng cấp từ Bộ môn Tin học quản lý (thành lập năm 2003)
• Khoa Quản trị kinh doanh được nâng cấp từ Bộ môn Quản trị kinh doanh (thành lập năm 2006)
• Khoa Luật được nâng cấp từ Bộ môn Luật (thành lập năm 2002)

Năm 2013, Khoa Luật Kinh tế được thành lập trên cơ sở tái cấu trúc và chia tách Bộ môn Luật Kinh tế từ Khoa Luật

Năm 2019, Khoa Toán Kinh tế được thành lập trên cơ sở nâng cấp Bộ môn Toán Kinh tế (thành lập năm 2008)

Năm 2022, Viện Đào tạo Ngoại ngữ được thành lập trên cơ sở sáp nhập và tái cấu trúc Bộ môn Ngoại ngữ và Trung tâm Ngoại ngữ - Tin học CFIS. Cùng năm, Viện Quốc tế UEL được thành lập trên cơ sở tái cấu trúc Trung tâm đào tạo quốc tế (thành lập năm 2012)

Tính đến năm 2023, Trường có 11 đơn vị đào tạo, trong đó có 9 Khoa chuyên môn và 2 Viện.